Esto puede suceder por varios motivos, pero recientemente -desde el 2006 aproximadamente- la baja calidad se ha acentuado especialmente en casi todos los CDs modernos de música tipo más comercial (pop, rock, etc.).

Esto se conoce como Loudness War (algo así como “Guerra del Volumen").

Es un problema causado intencionadamente en el proceso de masterización, donde se sacrifica la calidad en pro de un mayor volumen de grabación. Las grandes compañías discográficas son quienes más lo hacen, es una cuestión de marketing.

El resto del artículo y un vídeo explicativo en el blog "Least Significant Bit":

Artículo en Least Significant Bit